Боротьба за будинок по вулиці Володимирській між Академією наук України й Київською міськрадою та міською адміністрацією триває вже більше 10 років. Схоже, київська влада не може погодитися з тим, що в центрі Києва розташована неприбуткова наукова установа, яка і грошей у міський бюджет не вносить, і «на лапу» місцевому начальству не дає. Байдуже, що інститут проводить важливі дослідження державного рівня: наприклад, про радіаційне забруднення країни, потенційну зміну клімату, розвідку мінеральних ресурсів та вирішує стратегічні питання (на рівні рекомендацій) щодо розміщення промислових підприємств, розвитку регіонів тощо. В нашій країні місцеве начальство рідко думає масштабами країни. Тож і київських чиновників такий «нехазяйський» підхід перестав влаштовувати.
Рішенням від 2 лютого 2006 року Київрада «відрізала» два нижні поверхи в Інституту географії, дозволивши їм орендувати лише побудовані цим же інститутом у середині минулого століття третій та четвертий поверхи. Нижні поверхи збиралися віддати в оренду на три роки ТОВ «Клімент-Інвест», про який як не намагалися співробітники знайти хоч якусь інформацію (а директор інституту Леонід Руденко навіть до Комітету з боротьби з організованою злочинністю звертався), нікому нічого не відомо. Пан Руденко розповів, що один із чиновників йому сказав просто в обличчя: «Ваша наука нікому не потрібна, а ось котлети, які тут будуть смажити, людям приноситимуть користь». І це при тому, що буквально за 10 кроків від інституту розташована кав'ярня, а перед станцією метро «Золоті ворота» — ще одна.
Проте, побоюючись розголосу напередодні виборів, у день проведення прес-конференції договір оренди на весь будинок продовжили ще на два місяці. Співробітники інституту не сумніваються в тому, що двомісячний термін вибрано недаремно — з розрахунком на те, що влада після 26 березня зміниться і питаннями наукових інституцій перейматиметься слабо.
Прокуратура Шевченківського району міста Києва подала позов до суду на Київську міськраду та Київську державну адміністрацію, бо вважає, що проблеми виникають через те, що ще у 1992 році будинок було помилково віднесено до київської комунальної власності. Цікаво, що Академія наук України не може бути позивачем у цій справі, лише фонд Держмайна або прокуратура можуть з допомогою суду забрати приміщення (навіть якщо будинок було віддано київській владі помилково) та передати його Академії наук. Дивна ситуація щодо безправності найвищої наукової установи країни, у якої прав менше, ніж у будь-якої юридичної або фізичної особи, що має достатньо грошей, аби заплатити за оренду чи навіть купівлю будинку.