Упродовж п'яти років культову споруду зводили за рахунок пожертвувань християн регіону (лише громади Римсько-католицької церкви зібрали понад 210 тисяч гривень), а також одновірців з Канади, Польщі, Італії та інших країн. Усього ж на, власне, храм і адміністративно-господарчий блок було пожертвувано близько трьох мільйонів гривень. Їх вистачило, аби архітектурний комплекс центральної частини міста прикрасити дещо зменшеною копією базиліки святого Петра, що у Ватикані (запорізький храм, аналогів якому немає у країнах Східної Європи та СНД, збудовано в районі вулиці Якова Новицького). Подібна церква, з іменем Бога Отця Милосердного, функціонувала в Єрусалимі, однак у першому сторіччі нашої ери була зруйнована.
Ініціатор спорудження копії ватиканської базиліки — отець Ян Собіло, вікарій Харківський і Запорізький РКЦ. На прес-конференції він повідомив, що ім'я храму не є випадковим: «Коли я працював ще в Польщі, одна з моїх учениць готувала дисертацію в Римі. Там вона знайшла книгу отця Круга, котрий у радянські часи емігрував у Францію, де й помер. Останній канонічний творець ікон у розділі про Бога Отця нагадував древнє пророцтво: епоха зближення католиків, протестантів і православних настане після спорудження храму Бога Отця. Коли я прочитав книгу «Роздуми про ікону», то зрозумів, що ім'я запорізькому храму знайдено. Невдовзі я побував в Італії, де отримав підтримку. У Ватикані 7 грудня 1998 року Папа Римський Іван Павло II освятив наріжний камінь, вийнятий з базиліки апостола Петра».
Отець Ян Собіло запевнив, що запорізький храм Бога Отця Милосердного буде відкритим для всіх людей: тут ніхто не уточнюватиме, якої прибулець національності, де його хрестили і хто здійснював цей обряд: «Бог є отцем усіх людей — віруючих і зневірених, тих, хто тільки торує стежку до Бога».
Біля центрального входу до храму Бога Отця Милосердного зведено дві дзвіниці, неподалік — медичний кабінет і їдальню для соціально знедолених. Отець Ян Собіло певен, що невдовзі адміністративно-господарчий блок поповниться також будівлею притулку для бездоглядних дітей.