Давньоруські стінописи XII століття прикрашали собор аж до його руйнування в 1937 році. Зідрані зі стін і викинуті більшовиками на смітник фрески певний час зберігалися на території Софії Київської. А в 1940 році були вивезені фашистами до Німеччини. Під час перемовин між Радянським Союзом і Німеччиною святині Михайлівського Золотоверхого передали до Росії — у державному Ермітажі Санкт–Петербурга вони зберігалися аж до останнього часу, коли вони нарешті повернулися додому. Цьому передував тривалий переговорний процес між Росією та Україною ще за президентства Бориса Єльцина, а потім і за Володимира Путіна.
Одинадцять фресок, які відучора прикрашають стіни музею, передавали до Києва двома етапами — у 2004–му і 2008–му роках. Нині в Росії залишаються ще 15 фресок Михайлівського Золотоверхого.
Повернуті фрески мали значні пошкодження — тріщини, тому цей факт, як і брак коштів, зумовив тривалий період реставрації. «Це унікальні святині, адже йдеться про автентичний живопис того часу», — зазначив головний художник–реставратор Національного заповідника «Софія Київська» Анатолій Остапчук. Як зізналися реставратори Валерій та Анатолій Тарнавські, відновлювати ці історичні експонати було складно. Багато фресок втратили основу, покрилися пліснявою, тому доводилося тонко працювати з кожним фрагментом.
Відтак, за словами міністра культури і туризму Василя Вовкуна, повернені фрески — чудовий подарунок Михайлівському монастирю до його 900–ліття. Сьогодні в трьох залах Музею історії Михайлівського Золотоверхого собору експонують також культові художні речі, які прикрашали храм до 1937 року. Як зазначив київський міський голова Леонід Черновецький, їх за бюджетні кошти Києва вдалося викупити у приватних колекціонерів. Це, зокрема, «Царські ворота» та іконостас XVIII століття, стародруки, посуд. Усі ці експонати, як і фрески, прикрашають стрічки з кольорами національного прапора.