Вирок здійснили 27 листопада 1937 року у якійсь із київських катівень НКВС. Тіло митрополита закопали, за однією з версій, під доріжкою Лук’янівського кладовища. Уночі посеред доріжок викопували ями, скидали туди трупи розстріляних, засипали землею й утрамбовували. А вдень там, нічого не підозрюючи, ходили люди. Українську автокефальну православну Церкву «ліквідували» у 1930му. А митрополита Василя Липківського розстріляли, бо він продовжував впливати на уми й душі своєї пастви.
У 1903 році священика Василя Липківського призначили завідувачем нововідкритої в Києві церковновчительської школи. Серед педагогів був і Кирило Стеценко, видатний композитор, глибокий знавець української музики, згодом священик очоленої Василем Липківським Української автокефальної православної Церкви. Липківський говорив про «величезну прірву між зовнішньою величністю й внутрішньою нікчемністю церкви, яка трималася підтримкою державною, поліцейською». Восени 1905 р. його обрали головою єпархіяльного з’їзду духовенства Київщини; він став на чолі частини духівництва, що прагнуло реформ церковного життя й вітало зміни в Росії. В час лютневої демократичної революції протоієрей Василь Липківський став одним із лідерів українського церковновизвольного руху. На першому Всеукраїнському Православному Соборі 14—30 жовтня 1921 р. його обрали Митрополитом УАПЦ. Під його проводом церква запровадила українську мову в богослужіння, відроджувала давні національні традиції в церковному житті. Число парафій УАПЦ сягнуло двох тисяч. «Народний митрополит» — так величали його в багатьох містах і селах України. У перше десятиліття більшовицької окупації митрополит Василь Липківський був духовним вождем українського народу.