Є у критській «короні» ще один цікавий своєю історією острів — Спіналонга. Від Криту його відділяють лише кілька кілометрів Елундської протоки. До речі, саме з розташованого на критському боці містечка Елунда розпочиналася туристична індустрія Криту, і нині його вважають одним із найбільш елітних курортних центрів острова. Недарма тут щороку відпочивають Мадонна та Леді Га–Га. Затока Мірабелло між Елундою, Спіналонгою та іншими дрібнішими острівцями є казково красивою. Але туристів сюди приваблює передусім захоплююча й сумна історія цих місць.
У Середньовіччі Спіналонга була головним притулком та базою піратів східної частини Середземного моря — переважно арабського походження, найвідоміший з яких увійшов в історію під прізвиськом Барбаросса. Піратствували араби, як правило, у молодому віці. А з роками, накопичивши певний капітал, одружувалися з місцевими жінками і займалися цілком мирними справами, переважно тваринництвом та рибальством. Мешканці цих місць досі відрізняються від решти греків помітно «арабською» зовнішністю. Спритні шахраї, головним чином цигани та авантюристи з Румунії і Болгарії, пропонують наївним туристам за 50 євро «карти скарбів» — мапи, на яких позначені численні печери, де пірати нібито ховали награбоване. Втім, можливо, не такий уже це й «лохотрон» — уже в другій половині ХХ століття «чорні археологи» дійсно виявили на острові кілька піратських скарбів. Але після цього влада оголосила Спіналонгу та сусідні острівці національним заповідником, припинивши таким чином археологічну анархію.
1537 року Барбаросса з допомогою турецького султана напав на сусідній острів Санторіні, пограбував його й передав під владу туркам. Після цього терпець могутньої тоді Венеції щодо піратської вольниці у східній частині Середземномор’я урвався: венеціанці захопили Крит і всі навколишні острови та звели на них потужні фортеці. Одну з них — на острові Спіналонга, який саме від них отримав свою сучасну назву (у перекладі з італійської «спіналонга» означає «довга колючка») — з огляду на видовжену форму. Венеціанська фортеця й досі залишається головною принадою тепер безлюдного острова.
Навіть після того, як у 1669 році Крит захопили турки, Спіналонга залишалася оплотом Венеціанської Республіки — аж до повної капітуляції у 1715–му. А коли на початку ХХ сторіччя Крит після кількох повстань остаточно скинув оттоманське ярмо, на Спіналонзі протягом певного часу тримали оборону вже турки. Як свідчить місцева легенда, щоб витурити супостатів, винахідливі греки висадили на острові кілька десятків прокажених. Турки й справді втекли, а Спіналонгу уряд Греції вирішив перетворити на один із найбільших у Європі лепрозоріїв для хворих на проказу, адже місцевий клімат максимально сприяв гальмуванню перебігу хвороби та продовженню їхнього життя.
Прокажених звозили на острів з усієї Греції, а пізніше — з усіх Балкан та Європи. Нині у фортеці діє музей лепрозорію, де можна ознайомитися з побутом тодішніх мешканців Спіналонги. На острів привозили їжу, питну воду та медикаменти, тут були своя лікарня й церква, де не лише відспівували померлих, а й укладали шлюби. У сім’ях прокажених народилися 15 дітей: двоє вже заражених проказою та 13 здорових. Хворих залишили на острові, а здорових дітей зі згоди батьків вивезли з острова. Раз на рік їм влаштовували побачення з батьками, доки ті були живі, — через скло, щоб уникнути зараження.
Лепрозорій діяв до 1957 року, коли було винайдено спосіб лікування цієї хвороби. Після його закриття острів впродовж двох десятиліть перебував на карантині. Тепер загрози зараження вже немає, і сюди приїздять численні туристи.